WTO最高決策之機構為「部長會議」，於部長會議之下，設有「總理事會」、「爭端解決機構」及「貿易政策檢討機構」負責日常事務。而在總理事會下另設有「貨品貿易理事會」、「服務貿易理事會」、以及「與貿易有關智慧財產權理事會」，各依相關協定所賦予之職權，掌理有關貨品貿易、服務貿易與保護智慧財產權規範之執行。
有關「總理事會」(含轄下各理事會與委員會)、「爭端解決機構」及「貿易政策檢討機構」的運作簡介請詳附件。