本協定共3篇24條，內容係由會員依據90年杜哈部長宣言授權，針對GATT第5、8、10條有關貨品轉運、貿易程序與規費、法規透明化等條文提出具體規範，以及提供開發中及低度開發國家之能力建構與優惠待遇，摘要如下： 

1. 第一篇(第1~12條)：
(1) 法規透明化措施：主要規範進出口相關資訊應即時公布，並儘可能上網；法規修正時應提供貿易商表達意見之機會；建立邊境加強控制或查驗之通知機制等。
(2) 簡化貿易程序與規費規定措施：主要規範進出口規費金額應與所提供通關服務之成本相當；會員應儘量簡化進出口或轉運之程序及文件要件，並儘量建置單一窗口，以利廠商提交進出口或轉運相關文件等。
(3) 強化轉運自由之措施：主要規範會員對於轉運之規費、文件或程序等要求，亦不得構成貿易障礙。
(4) 關務合作措施：主要規範會員間之資訊交換合作，以防止或查緝廠商不法行為，確保國際貿易秩序。

2. 第二篇(第13~22條)：主要規範開發中及低度開發會員之特殊及優惠待遇，包括會員如何提供或要求技術、財務、能力建構等協助。

3. 第三篇(第23、24條)：主要規範協定監督協調機制及最終條款，如設立貿易便捷化委員會（Committee on Trade Facilitation）、設立貿易便捷化國家委員會（National Committee on Trade Facilitation）。