土耳其與歐盟均有意推動關稅同盟現代化，相關進程仍受政治歧見影響。現行關稅同盟自1995年底實施，主要涵蓋工業產品及加工農產品，服務業、數位貿易及政府採購等領域尚未納入；制度上另存在不對稱之處，歐盟與第三國簽署自由貿易協定後，土耳其出口商無法自動取得進入該第三國市場的對等待遇。
歐洲媒體分析指出，塞浦路斯問題仍是土歐關係主要障礙，土耳其不承認賽浦路斯共和國，塞方則將土歐關係改善與賽島問題進展相互連結。此外，土耳其雖擁有北約第二大軍隊，卻因未與歐盟簽署相關安全協議，無法參與歐盟「歐洲安全行動」（SAFE）提供之1,500億歐元國防貸款。
儘管全面升級關稅同盟短期內難有進展，雙方仍可先就具體領域推動合作。土耳其與歐盟已於2026年7月就相互承認優質企業（AEO）認證達成協議，即為現行架構下具體合作之例；雙方企業界亦支持就通關便利、關鍵礦物、數位貿易及國防供應鏈推動個別合作。
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